Nel 2006 Pagani iniziò a progettare una vettura estrema, basata sulla Zonda F e destinata all’uso in pista. Dopo sei mesi di lavoro, e visto il successo commerciale che il progetto riscuoteva, Horacio Pagani decise di ripartire daccapo in totale libertà creativa. La Zonda R venne presentata nel 2009. Corsaiola di carattere, sfoggiava comunque finiture degne di una galleria d’arte: un grande “orologio” ricco di 3270 componenti nuovi tra cui il telaio in carbo-titanio, i bulloni in ergal e titanio, le barre anti sfondamento, l’impianto di estinzione, i sedili omologati FIA e conformi allo standard HANS e il cambio robotizzato XTRAC, con velocità di cambiata di 20 ms.
Zonda Cinque venne presentata al Salone Internazionale dell’Auto di Ginevra del 2009, con l’intenzione di creare la versione stradale più estrema dell’intera gamma, e di produrne solo cinque esemplari, oltre al prototipo. Per ottenere un carico aerodinamico di 750 kg a 300 km/h, la Cinque venne dotata di un nuovo spoiler anteriore, un alettone posteriore regolabile di nuovo disegno, fondo piatto e scivoli posteriori modificati. Molte soluzioni aerodinamiche vennero mutuate dalla R, come le prese d’aria sui cofani e sul tetto. Fu la prima vettura stradale ad avere la struttura centrale monoscocca in carbonio-titanio e ad oggi viene considerata la più iconica tra le creazione dell’atelier di San Cesario sul Panaro.
Le leve ergonomiche dietro al volante così come il resto degli strumenti di controllo, vennero riprogettati per offrire il maggior livello di precisione e la totale immersione nel piacere di guida